Основным источником вредных микроорганизмов при производстве маргарина является сырье, вода, воздух, аппаратура, руки, одежда персонала. Наиболее часто встречаются следующие группы вредных микроорганизмов:
- представители кишечной микрофлоры;
- спорообразующие палочки (из группы гнилостных бактерий);
- маслянокислые бактерии;
- флуоресцирующие бактерии;
- плесневые грибы;