Между ветвями власти возник острый конфликт. В декабре 1992 года Верховный Совет лишил Б. Ельцина «дополнительных полномочий». Ответом со стороны Президента в марте 1993 года стали Указы «О деятельности исполнительных органов для преодоления кризиса власти» и «О мерах по предотвращению вмешательства политических партий и их структур в деятельность государственных органов, предприятий, учреждений и иных организаций».
Развернулась работа по подготовке проекта новой Конституции, предусматривающей сильные президентские полномочия.
Обострение противостояния между законодательной и исполнительной ветвями власти привело к известной монополизации власти Президентом РФ на основании Указа от 21 сентября 1993 года № 1400 «О поэтапной конституционной реформе в Российской Федерации». Указ противоречил действующему законодательству по 10 пунктам, что дало основание Конституционному Суду РФ в ночь с 21 на 22 сентября классифицировать случившееся как государственный переворот. Этим Указом была прекращена деятельность Съезда народных депутатов Российской Федерации и Верховного Совета Российской Федерации, прерваны заседания Конституционного Суда Российской Федерации и начат процесс формирования нового представительного органа государственной власти - Федерального Собрания.
В сентябре принимается блок важнейших указов этого периода: «Положение о федеральных органах власти на переходный период» и «Положение о выборах депутатов Государственной Думы». Принятие указов означало ликвидацию советской системы, которая приняла характер острого вооруженного противостояния в столице (события 3-4 октября 1993 года).
С нормализацией обстановки, в начале октября 1993 года, принимается важнейший Указ «О правовом регулировании в период поэтапной конституционной реформы» (№ 1609). В соответствии с Указом все правовое регулирование отнесенных к ведению Съезда и Верховного Совета вопросов вплоть до созыва Федерального собрания осуществляется Президентом.
Таким образом, в период с сентября 1993 года по 12 декабря 1993 года в стране фактически действовало президентское правление. Основным источником права являлись указы Президента.
Политические оценки произошедших изменений являются дискуссионными. Однако следует иметь в виду, что указами Президента была сломана устаревшая политическая система и создана юридическая база дальнейших политических реформ.
В конце ноября и начале декабря 1993 года были изданы Указы Президента «О государственном гербе РФ», «О государственном флаге РФ», «О государственном гимне РФ».
12 декабря 1993 г. прошли выборы в Федеральное собрание Российской Федерации и референдум по новой Конституции России, которая была одобрена большинством избирателей. По итогам выборов места в Государственной Думе первого созыва распределились следующим образом: «Выбор России» – 96, ЛДПР – 70, КПРФ – 65, Аграрная Партия – 47. Кроме этого депутатские мандаты получили представители движений «Женщины России» и ЯБЛоко, Партии российского единства и согласия, Демократической партии России. Совет федерации пополнился за счет представителей национальных и региональных элит, он приобрел большой вес и создал предпосылки для будущего перемещения политического влияния из центра на места.
11 января 1994 г. новый российский парламент приступил к работе. Период становления государственности в Российской Федерации завершился.
В декабре 1995 г. прошли выборы в Государственную Думу второго созыва. Победу на них одержала Коммунистическая Партия РФ получившая 36% мест. 12% завоевало проправительственное общественно-политическое движение «Наш дом – Россия». 11% - ЛДПР, 10% - блок ЯБЛоко. Состав Думы предопределил острый характер межпартийной борьбы по всем рассматриваемым в ней внутриполитическим вопросам.
Особую остроту и драматичность событиям придавала нестабильность в стране, вызванная, в частности, напряженностью в межнациональных отношениях. Один из очагов межнациональных конфликтов находился на Северном Кавказе. Здесь развернулись вооруженные столкновения между ингушами и осетинами. В декабре 1994 г. на территорию Чечни, стремившейся выйти из состава России любимы средствами, были введены федеральные вооруженные силы. Это положило начало чеченской войне, завершившейся лишь в конце 1996 г. когда из мятежной Чечни были выведены российские войска, а в республике проведены президентские выборы.
В 1996 г. состоялись очередные выборы Президента России. Первый тур выборов состоялся 16 июня. Основная борьба развернулась между Б.Н. Ельциным и лидером коммунистов Г.А. Зюгановым. Они и вышли во второй тур, который состоялся 3 июля 1996 г. За Ельцина проголосовали 55% избирателей, за Зюганова – 40,7%. Победа Ельцина означала неизменность прежнего курса России.
Весь период работы Государственной Думы второго созыва продолжалось противостояние Президента Ельцина и его сторонников и оппозиционных ему депутатов. Ситуация осложнялась частыми болезнями главы государства и многочисленными сменами глав правительства. После отставки В.С. Черномырдина весной 1998 г. кабинет министров возглавляли: С.В. Кириенко (с марта 1998 г.), Е.М. Примаков (с сентября 1998 г.), С.В. Степашин (с мая 1999 г.). С августа 1999 г. Правительство стал возглавлять В.В. Путин, до этого занимавший должность директора Федеральной службы безопасности РФ.
Значительным потрясением для страны стало вторжение в августе 1999 г. отрядов чеченских боевиков, поддерживаемых международными террористами, в Дагестан и взрывы террористами жилых домов в Москве, Буйнакске, Волгодонске. Федеральные силы вновь были введены на территорию Чечни для уничтожения сил террористов. Новая операция превратилась в полномасштабную войну с многочисленными жертвами. Активные боевые действия в Чечне завершились к лету 2000 г., но боевики перешли к тактике партизанской войны.
На состоявшихся 19 декабря 1999 г. выборах в Государственную Думу Третьего созыва большинство мест получила КПРФ. Немного отстало Межрегиональное движение «Единство» («Медведь»), поддерживаемое Кремлем и Правительством. В новую Думу вошли: блок «Отечество - Вся Россия», Союз правых сил, ЛДПР и ЯБЛоко.
31 декабря 1999 г. за 6 месяцев до истечения срока полномочий первый Президент России Б.Н. Ельцин ушел со своего поста, назначив исполняющим обязанности Президента РФ В.В. Путина. 26 марта 2000 г. состоялись досрочные президентские выборы, на которых с большим отрывом от главного соперника лидера КПРФ Г.А. Зюганова, уже в первом туре победил В.В. Путин. Правительство возглавил М.М. Касьянов. Активная и сбалансированная внутренняя политика В.В. Путина способствует сохранению высокого уровня доверия Президенту, поддержке его инициатив по реформированию вертикали власти. В том числе, введению системы семи федеральных округов, изменению принципа формирования Совета Федерации. Российское общество в целом стало отличать большее единство.