Материал: А.В. Курзин, Л.М.Попова, А.Н.Евдокимов Химические редакторы

на существующем углеродном атоме он становится активным, и дальше цепь будет продолжаться от него. Этот режим очень удобен для рисования новых атомов из выделенного атома. Двойной щелчок создает стандартное разветвление, присоединяя метильную группу -СН3 со стандартной длиной связи. Инструментом Draw Continuous удобно рисовать циклы, при этом, чтобы замкнуть цикл, последний щелчок делают на первом атоме углерода.

Инструмент Draw Chains при щелчках ведет себя как инструмент Draw Normal, но при протягивании рисует стандартную углеводородную цепочку в виде зигзагообразной линии. Особенностью этого инструмента является то, что все связи располагаются под углом в 120°. Но если зажать клавишу Ctrl во время рисования цепи с помощью этого инструмента, то связи будут расположены друг к другу под углом 180°. Рядом с указателем курсора появляется число, показывающее число атомов углерода в цепочке. Цепочку можно начать и от любого существующего атома углерода.

Для циклов с большим числом атомов угле-

рода с помощью инструмента Draw Chains рисуют цепочку с нужным числом атомов углерода, затем, используя Draw Normal, соединяют первый атом с последним.

В результате получают неоптимизированные циклы, состоящие из одних линий. Чтобы представить их в правильном виде, используют инст-

румент Clean Structure.

У любого углеродного атома цикла можно создать

разветвление (боковую цепь) и, замкнув его в цикл, создать структуру с конденсированными циклами, например, структуру углеводорода адамантана С10H16. При желании можно развернуть атомы водорода циклической структуры.

Обычными приемами связи цикла можно преобра-

зовать в двойные или тройные (атомы водорода предварительно надо свернуть). В результате шестиатомный цикл циклогексана можно превратить в формулу Кекуле для молекулы бензола.

Для преобразования формулы Кекуле в ароматическую структуру используется команда меню Tools - Show Aromaticity (показать ароматичность), обратная операция выполняется командой Hide Aromaticity.

Если необходимо укоротить цепь, можно удалить по одному атомы углерода и, следовательно, метильные или метиленовые и другие группы.

10

Для этого нажмите кнопку Delete (Удалить) на стандартной панели инструментов и щелкайте мышью последовательно по тем атомам, которые вы хотите удалить. При необходимости можно использовать кнопку Undo (Отменить). Пример работы инструмента Delete:

Кратные связи

Любой из инструментов рисования при щелчке на линии связи преобразует одинарную связь в двойную, затем – в тройную и снова в одинарную. В соответствии с изменением кратности связи изменяется число атомов водорода. Если кликнуть по уже существующей тройной связи – она снова станет одинарной. Кратная связь не будет создана, если этому препятствует разветвление у атома углерода, а также, если формула развернута полностью.

Рисование полимеров

ChemSketch имеет возможности для рисования полимеров. Для этого на Structure toolbar (панели инструментов для структур) выберите инстру-

мент Polymers для отображения Polymer panel (панели для полимеров)

и установите настройки, как показано здесь:

Затем выберите область, которую необходимо превратить в полимер с помощью клика мышкой или перетаскивания. После выбора области можно увидеть следующего вида изображение:

Псевдоатомы

Для того чтобы создать полимер, на концах которого нет углеродных атомов, необходимо на панели инструментов для атомов кликнуть Pseudo

Atom . После этого нажмите на концевые атомы полимерной структуры для того чтобы заменить их на «пустые» атомы, после чего получится полимер с «открытыми» концами:

11

Преобразование вида структур

Вид созданных структуры можно изменять, перемещая их, вращая, изменяя положение атомов и групп атомов, длины связей, размеры структуры в целом, с помощью инструментов панели Structure.

Для перемещения формулы или ее элементов используется инструмент Select/Move (Выбор/Перемещение). После этого можно взяться за любой символ или линию связи и изменить их положение на листе. Можно обвести рамкой часть структуры или структуру полностью – затем мышкой переместитьвыбранное на новое место.

Инструмент Select/Size/Rotation (Выбор/Размер/Вращение) позволяет вращать формулу в плоскости, взявшись за один из атомов. Если обвести формулу (или ее фрагмент) рамкой, появятся маркеры изменения размеров. Наконец, инструмент 3D Rotation позволяет имитировать вращение формулы в пространстве.

Следующая группа инструментов позволяет изменить положение формулы по выбранной связи. Если нужно, чтобы формула была повернута так, чтобы некоторая связь стала вертикальной, следует:

1)выбрать инструмент Set Bond Vertically (установить связь вертикально);

2)щелкнуть мышью по линии требуемой связи. Пример работы инструмента Set Bond Vertically:

Аналогично работают кнопки Set Bond Horizontally (установить связь горизонтально) и Flip on Bond (отразить по связи).

Кнопки Flip (отражения сверху вниз и слева направо) требуют предварительного выделения нужной структуры или ее фрагмента. Если это не сделано, произойдет отражение всего содержимого страницы.

Кнопка Change Position позволяет изменить положение символов атома водорода относительно углеродного атома структуры.

Ручное изменение формы структуры может привести к нежелательным результатам. Чтобы быстро перейти к стандартной структуре, можно

12

использовать инструмент Clean Structure («очистка» или «стандартизация» структуры) – по существу это двухмерная оптимизация структуры

– выравнивание длин связей и углов.

Нужно сделать более презентабельной молекулу следующего вида:

Для того чтобы сделать

стандартными все углы и длины связей в нарисованной структуре, необходимо в меню Options (Опции) выбрать Preferences (Параметры) и в открытой вкладке Clean диалогового окна Preferences поставить галку напротив метода 2:

Далее на панели инструментов для структур (StructureToolbar) щелк-

ните Clean Structure .

Команда Clean Structure не только делает стан-

дартными все длины связей и углы для того, чтобы сделать структуру опрятно выглядящей, но также с помощью неё нарисованные структуры преобразуются в более химически корректные. Например, для ациклических фрагментов она размещает связи sp2 близко к углу 120°, а для sp – близко к углу 180°.

Есть и инструмент трехмерной оптимизации 3D Optimisation. При проведении этой операции происходит полное разворачивание формулы.

Развернуть (свернуть) атомы водорода в углеводородной структуре можно, используя команды меню Tools: Add Explicit Hydrogens и Remove Explicit Hydrogens. Если на листе не выделен ни один фрагмент, разворачиваются все структуры листа.

Редактирование меток атомов (Atom labels)

Команда Edit Atom Label позволяет заменить концевой атом или группу на короткую буквенную аббревиатуру. Для того чтобы это сделать,

13

на панели Atoms toolbar выберите значок и затем кликните по крайнему правому атому фтора в нарисованной структуре.

Затем в диалоге Edit Label наберите

(CH2)3Ph и нажмите Insert (Вставить). Группа вставляется в указанную позицию, и при этом все индексы автоматически пишутся подстрочным текстом.

Если вы хотите, чтобы конец молекулы был развернутым, кликните для этого снова по

инструменту Edit Atom Label ,а затем по полученной краткой аббревиатуре для того, чтобы открыть диалоговое окно Edit Label. После этого

кликните Expand , появится структура следующего вида:

Очищение экрана

Если нужно очистить экран, то можно это сделать одним из следующих способов:

–Из меню File выберите строку New. Эта операция откроет новый пустой документ;

–Через меню Edit выберите строку SelectAll и затем в этом же меню щелкните Delete;

–Нажмите Ctrl+A для того, чтобы выбрать все объекты на странице, и затем нажмите кнопку Delete;

–На главной панели инструментов выберите Delete . Щелкните по пустому месту, на котором нет нарисованных структур, для того чтобы все выделить, и затем щелкните по любому рисунку для того, чтобы очистить все рабочее пространство.

Копирование структур. Мгновенный шаблон

Выделенную структуру можно копировать в буфер, используя команду меню Edit - Copy, сочетание клавиш Ctrl+С или кнопки панели инстру-

ментов . Скопированную структуру можно вставить обычными способами в документы других программ, например, в документ WORD, а также на любуюстраницу документа ChemSketch.

При выполнении вставки в ChemSketch (Edit - Paste, Ctrl+V или кнопкой) к курсору прикрепляется шаблон структуры. При щелчке на нуж-

14