Разработаны новые экспериментальные методы поиска дифференциальных геномных повторов. Первый метод, TGDA (англ. Targeted Genomic Differences Analysis), основан на вычитающей гибридизации геномных последовательностей, а второй, Diffir (англ. Differences in the integration sites of low and medium copy number interspersed repeats technique) - на дифференциальной гибридиазации участков генома на фильтре.
Разработанные подходы были успешно применены для полногеномной идентификации специфичных для генома человека представителей ретроэлементов семейств HERV-K (HML-2) u L1. На основании полученных данных, проведён детальный структурный анализ человек-специфичных ретроэлементов HERV-K (HML-2) u L1. Для человек-специфичных представителей группы HERV-K (HML-2), обладающих общностью гомологии нуклеотидной последовательности, была создана консенсусная последовательность.
Разработан новый экспериментальный методический подход, впервые позволяющий проводить полногеномные исследования промоторной активности геномных повторов как на качественном, так и на количественном уровне. Этот подход, названный GREM (англ. Genomic Repeat Expression Monitor), основан на гибридизации геномных последовательностей, фланкирующих повторы, с 5'-концевыми фрагментами кДНК. Подход был применён для полногеномного исследования промоторной активности человек-специфичных эндогенных ретровирусов HERV-K (HML-2) в нормальной и раковой тканях.
В составе последовательности длинных концевых повторов представителей семейства HERV-K (HML-2) найдена точка начала транскрипции, отличающаяся от канонической для экзогенных ретровирусов. Появление новой точки начала транскрипции может быть связано с адаптивной эволюцией геномов эндогенных ретровирусов.
В интронах двух генов человека - SLC u SLB - выявлены человек-специфичные эндогенные ретровирусы HERV-K (HML-2) , инициирующие транскрипцию антисмысловых РНК, перекрывающихся с последовательностями экзонов этих генов. В системе in vitro показано, что экспрессия этих антисмысловых транскриптов на физиологическом уровне, наблюдаемом для эмбриональных и герминогенных тканей, приводит к 2-3 -кратному снижению концентрации мРНК соответствующих генов. Обнаружены первые два случая человек-специфичной регуляции экспрессии генов.
Было обнаружено новое семейство ретроэлементов, состоящее из химерных последовательностей, образованных при однократной или двукратной смене матрицы в ходе обратной транскрипции. Представители семейства были найдены в геномах млекопитающих и у нитчатого гриба Magnaporthe grisea.
Список цитируемых литературных источников
1. Watson, J. D. & Crick, F. H. (1953) Nature 171, 737-8.
2. Feuchter, A. E., Freeman, J. D. & Mager, D. L. (1992) Genomics 13, 1237-1246.
3. Brown, A. J., Hutchings, C., Burke, J. F. & Mayne, L. V. (1999) Mol Cell Neurosci 13, 119-30.
4. Liang, P. & Pardee, A. B. (1992) Science 257, 967-971.
5. Sagerstrom, C. G., Sun, B. I. & Sive, H. L. (1997) Annu Rev Biochem 66, 751-83.
6. Pardinas, J. R., Combates, N. J., Prouty, S. M., Stenn, K. S. & Parimoo, S. (1998) Anal Biochem 257, 161-8.
7. Yang, G. P., Ross, D. T., Kuang, W. W., Brown, P. O. & Weigel, R. J. (1999) Nucleic Acids Res 27, 1517-23.
8. Martin, K. J. & Pardee, A. B. (2000) Proc Natl Acad Sci U S A 97, 3789-37891.
9. Ermolaeva, O. D. & Sverdlov, E. D. (1996) Genet Anal 13, 49-58.
10. Diatchenko, L., Lau, Y. F., Campbell, A. P., Chenchik, A., Moqadam, F., Huang, B., Lukyanov, S., Lukyanov, K., Gurskaya, N., Sverdlov, E. D. & Siebert, P. D. (1996) Proc Natl Acad Sci USA 93, 6025-6030.
11. Diatchenko, L., Lukyanov, S., Lau, Y. F. & Siebert, P. D. (1999) Methods Enzymol 303, 349-80.
12. Akopyants, N. S., Fradkov, A., Diatchenko, L., Hill, J. E., Siebert, P. D., Lukyanov, S. A., Sverdlov, E. D. & Berg, D. E. (1998) Proc Natl Acad Sci U S A 95, 13108-13.
13. Bogush, M. L., Velikodvorskaya, T. V., Lebedev, Y. B., Nikolaev, L. G., Lukyanov, S. A., Fradkov, A. F., Pliyev, B. K., Boichenko, M. N., Usatova, G. N., Vorobiev, A. A., Andersen, G. L. & Sverdlov, E. D. (1999) Mol Gen Genet 262, 721-9.
14. Bautz, E. K. & Reilly, E. (1966) Science 151, 328-30.
15. Lamar, E. E. & Palmer, E. (1984) Cell 37, 171-7.
16. Cekan, S. Z. (2004) Reprod Biol Endocrinol 2, 68.
17. Ying, S. Y. (2004) Mol Biotechnol 27, 245-52.
18. Buzdin, A., Ustyugova, S., Gogvadze, E., Lebedev, Y., Hunsmann, G. & Sverdlov, E. (2003) Hum Genet 112, 527-33.
19. Buzdin, A., Khodosevich, K., Mamedov, I., Vinogradova, T., Lebedev, Y., Hunsmann, G. & Sverdlov, E. (2002) Genomics 79, 413-22.
20. Nadezhdin, E. V., Vinogradova, T. V. & Sverdlov, E. D. (2001) Dokl Biochem Biophys 381, 415-8.
21. Zeschnigk, M., Horsthemke, B. & Lohmann, D. (1999) Nucleic Acids Res 27, e30.
22. Frohme, M., Camargo, A. A., Czink, C., Matsukuma, A. Y., Simpson, A. J., Hoheisel, J. D. & Verjovski-Almeida, S. (2001) Genome Res 11, 901-3.
23. Kunkel, L. M., Monaco, A. P., Middlesworth, W., Ochs, H. D. & Latt, S. A. (1985) Proc Natl Acad Sci U S A 82, 4778-82.
24. Kavathas, P., Sukhatme, V. P., Herzenberg, L. A. & Parnes, J. R. (1984) Proc Natl Acad Sci U S A 81, 7688-92.
25. Chien, Y., Becker, D. M., Lindsten, T., Okamura, M., Cohen, D. I. & Davis, M. M. (1984) Nature 312, 31-5.
26. Travis, G. H. & Sutcliffe, J. G. (1988) Proc Natl Acad Sci U S A 85, 1696-700.
27. Rubenstein, J. L., Brice, A. E., Ciaranello, R. D., Denney, D., Porteus, M. H. & Usdin, T. B. (1990) Nucleic Acids Res 18, 4833-42.
28. Kuze, K., Shimizu, A. & Honjo, T. (1989) Nucleic Acids Res 17, 807.
29. Palazzolo, M. J. & Meyerowitz, E. M. (1987) Gene 52, 197-206.
30. Welcher, A. A., Torres, A. R. & Ward, D. C. (1986) Nucleic Acids Res 14, 10027-44.
31. Sharma, P., Lonneborg, A. & Stougaard, P. (1993) Biotechniques 15, 610, 612.
32. Lopez-Fernandez, L. A. & del Mazo, J. (1993) Biotechniques 15, 654-6, 658-9.
33. Hara, E., Kato, T., Nakada, S., Sekiya, S. & Oda, K. (1991) Nucleic Acids Res 19, 7097-104.
34. Hla, T. & Maciag, T. (1990) Biochem Biophys Res Commun 167, 637-43.
35. Timblin, C., Battey, J. & Kuehl, W. M. (1990) Nucleic Acids Res 18, 1587-93.
36. Wang, Z. & Brown, D. D. (1991) Proc Natl Acad Sci U S A 88, 11505-9.
37. Herfort, M. R. & Garber, A. T. (1991) Biotechniques 11, 598, 600, 602-4.
38. Cook, D. & Sequeira, L. (1991) Mol Gen Genet 227, 401-10.
39. Cruz-Reyes, J. A. & Ackers, J. P. (1992) Arch Med Res 23, 271-5.
40. Clapp, J. P., McKee, R. A., Allen-Williams, L., Hopley, J. G. & Slater, R. J. (1993) Insect Mol Biol 1, 133-8.
41. Wieland, I., Bolger, G., Asouline, G. & Wigler, M. (1990) Proc Natl Acad Sci U S A 87, 2720-4.
42. Ermolaeva, O. D., Lukyanov, S. A. & Sverdlov, E. D. (1996) Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol 4, 52-8.
43. Sverdlov, E. D. & Ermolaeva, O. D. (1994) Bioorg Khim 20, 506-14.
44. Cho, T. J. & Park, S. S. (1998) Nucleic Acids Res 26, 1440-8.
45. Milner, J. J., Cecchini, E. & Dominy, P. J. (1995) Nucleic Acids Res 23, 176-87.
46. Kohne, D. E., Levison, S. A. & Byers, M. J. (1977) Biochemistry 16, 5329-41.
47. Laman, A. G., Kurjukov, S. G., Bulgakova, E. V., Anikeeva, N. N. & Brovko, F. A. (2001) J Biochem Biophys Methods 50, 43-52.
48. Barr, F. G. & Emanuel, B. S. (1990) Anal Biochem 186, 369-73.
49. Venter, J. C., Adams, M. D., Myers, E. W., Li, P. W., Mural, R. J., Sutton, G. G., Smith, H. O., Yandell, M., Evans, C. A., Holt, R. A., Gocayne, J. D., Amanatides, P., Ballew, R. M., Huson, D. H., Wortman, J. R., Zhang, Q., Kodira, C. D., Zheng, X. H., Chen, L., Skupski, M., Subramanian, G., Thomas, P. D., Zhang, J., Gabor Miklos, G. L., Nelson, C., Broder, S., Clark, A. G., Nadeau, J., McKusick, V. A., Zinder, N., Levine, A. J., Roberts, R. J., Simon, M., Slayman, C., Hunkapiller, M., Bolanos, R., Delcher, A., Dew, I., Fasulo, D., Flanigan, M., Florea, L., Halpern, A., Hannenhalli, S., Kravitz, S., Levy, S., Mobarry, C., Reinert, K., Remington, K., Abu-Threideh, J., Beasley, E., Biddick, K., Bonazzi, V., Brandon, R., Cargill, M., Chandramouliswaran, I., Charlab, R., Chaturvedi, K., Deng, Z., Di Francesco, V., Dunn, P., Eilbeck, K., Evangelista, C., Gabrielian, A. E., Gan, W., Ge, W., Gong, F., Gu, Z., Guan, P., Heiman, T. J., Higgins, M. E., Ji, R. R., Ke, Z., Ketchum, K. A., Lai, Z., Lei, Y., Li, Z., Li, J., Liang, Y., Lin, X., Lu, F., Merkulov, G. V., Milshina, N., Moore, H. M., Naik, A. K., Narayan, V. A., Neelam, B., Nusskern, D., Rusch, D. B., Salzberg, S., Shao, W., Shue, B., Sun, J., Wang, Z., Wang, A., Wang, X., Wang, J., Wei, M., Wides, R., Xiao, C., Yan, C., et al. (2001) Science 291, 1304-51.
50. Lander, E. S., Linton, L. M., Birren, B., Nusbaum, C., Zody, M. C., Baldwin, J., Devon, K., Dewar, K., Doyle, M., FitzHugh, W., Funke, R., Gage, D., Harris, K., Heaford, A., Howland, J., Kann, L., Lehoczky, J., LeVine, R., McEwan, P., McKernan, K., Meldrim, J., Mesirov, J. P., Miranda, C., Morris, W., Naylor, J., Raymond, C., Rosetti, M., Santos, R., Sheridan, A., Sougnez, C., Stange-Thomann, N., Stojanovic, N., Subramanian, A., Wyman, D., Rogers, J., Sulston, J., Ainscough, R., Beck, S., Bentley, D., Burton, J., Clee, C., Carter, N., Coulson, A., Deadman, R., Deloukas, P., Dunham, A., Dunham, I., Durbin, R., French, L., Grafham, D., Gregory, S., Hubbard, T., Humphray, S., Hunt, A., Jones, M., Lloyd, C., McMurray, A., Matthews, L., Mercer, S., Milne, S., Mullikin, J. C., Mungall, A., Plumb, R., Ross, M., Shownkeen, R., Sims, S., Waterston, R. H., Wilson, R. K., Hillier, L. W., McPherson, J. D., Marra, M. A., Mardis, E. R., Fulton, L. A., Chinwalla, A. T., Pepin, K. H., Gish, W. R., Chissoe, S. L., Wendl, M. C., Delehaunty, K. D., Miner, T. L., Delehaunty, A., Kramer, J. B., Cook, L. L., Fulton, R. S., Johnson, D. L., Minx, P. J., Clifton, S. W., Hawkins, T., Branscomb, E., Predki, P., Richardson, P., Wenning, S., Slezak, T., Doggett, N., Cheng, J. F., Olsen, A., Lucas, S., Elkin, C., Uberbacher, E., Frazier, M., et al. (2001) Nature 409, 860-921.
51. Rubin, C. M., Leeflang, E. P., Rinehart, F. P. & Schmid, C. W. (1993) Genomics 18, 322-8.
52. Sverdlov, E. D. (1993) Mol Gen Mikrobiol Virusol, 3-12.
53. Sverdlov, E. D. & Ermolaeva, O. D. (1993) Bioorg Khim 19, 1081-8.
54. Lisitsyn, N. & Wigler, M. (1993) Science 259, 946-51.
55. Schutte, M., da Costa, L. T., Hahn, S. A., Moskaluk, C., Hoque, A. T., Rozenblum, E., Weinstein, C. L., Bittner, M., Meltzer, P. S., Trent, J. M. & et al. (1995) Proc Natl Acad Sci U S A 92, 5950-4.
56. Lisitsyn, N. & Wigler, M. (1995) Methods Enzymol., 291-304.
57. Lisitsyn, N. A., Lisitsina, N. M., Dalbagni, G., Barker, P., Sanchez, C. A., Gnarra, J., Linehan, W. M., Reid, B. J. & Wigler, M. H. (1995) Proc Natl Acad Sci U S A 92, 151-5.
58. Lisitsyn, N. A., Leach, F. S., Vogelstein, B. & Wigler, M. H. (1994) Cold Spring Harb Symp Quant Biol 59, 585-7.
59. Ayyanathan, K., Francis, V. S., Datta, S. & Padmanaban, G. (1995) Mol Cell Probes 9, 239-46.
60. Drew, A. C. & Brindley, P. J. (1995) Mol Biochem Parasitol 71, 173-81.
61. Ermolaeva, O. D. & Wagner, M. C. (1995) Comput Appl Biosci 11, 457-62.
62. Sallie, R. (1995) Med Hypotheses 45, 142-6.
63. Chen, H., Pulido, J. C. & Duyk, G. M. (1995) Genomics 25, 1-8.
64. Long, M., de Souza, S. J., Rosenberg, C. & Gilbert, W. (1996) Proc Natl Acad Sci U S A 93, 7727-31.
65. Sasaki, H., Nomura, S., Akiyama, N., Takahashi, A., Sugimura, T., Oishi, M. & Terada, M. (1994) Cancer Res 54, 5821-3.
66. Jin, H., Cheng, X., Diatchenko, L., Siebert, P. D. & Huang, C. C. (1997) Biotechniques 23, 1084-6.
67. Bonaldo, M. F., Lennon, G. & Soares, M. B. (1996) Genome Res 6, 791-806.
68. Rebrikov, D. V., Britanova, O. V., Gurskaya, N. G., Lukyanov, K. A., Tarabykin, V. S. & Lukyanov, S. A. (2000) Nucleic Acids Res 28, E90.
69. Carulli, J. P., Artinger, M., Swain, P. M., Root, C. D., Chee, L., Tulig, C., Guerin, J., Osborne, M., Stein, G., Lian, J. & Lomedico, P. T. (1998) J Cell Biochem Suppl 31, 286-96.
70. Ying, S. Y. & Lin, S. (1999) Biotechniques 26, 966-8, 970-2, 979 passim.
71. Kuvbachieva, A. A. & Goffinet, A. M. (2002) BMC Mol Biol 3, 6.
72. Ganova-Raeva, L., Zhang, X., Cao, F., Fields, H. & Khudyakov, Y. (2006) Nucleic Acids Res 34, e76.
73. Devon, R. S. & Brookes, A. J. (1996) Mol Biotechnol 5, 243-52.
74. Azhikina, T., Gainetdinov, I., Skvortsova, Y. & Sverdlov, E. (2006) Mol Genet Genomics 275, 615-22.
75. Azhikina, T. L. & Sverdlov, E. D. (2005) Biochemistry (Mosc) 70, 596-603.
76. Azhikina, T., Gainetdinov, I., Skvortsova, Y., Batrak, A., Dmitrieva, N. & Sverdlov, E. (2004) Mol Genet Genomics 271, 22-32.
77. Chalaya, T., Gogvadze, E., Buzdin, A., Kovalskaya, E. & Sverdlov, E. D. (2004) Nucleic Acids Res 32, e130.
78. Buzdin, A., Kovalskaya-Alexandrova, E., Gogvadze, E. & Sverdlov, E. (2006) Nucleic Acids Res 34, e67.
79. Launer, G. A., Lukyanov, K. A., Tarabykin, V. S. & Lukyanov, S. A. (1994) Mol Gen Mikrobiol Virusol, 38-41.
80. Siebert, P. D., Chenchik, A., Kellogg, D. E., Lukyanov, K. A. & Lukyanov, S. A. (1995) Nucleic Acids Res 23, 1087-8.
81. Chenchik, A., Diachenko, L., Moqadam, F., Tarabykin, V., Lukyanov, S. & Siebert, P. D. (1996) Biotechniques 21, 526-534.
82. Lukyanov, K., Diatchenko, L., Chenchik, A., Nanisetti, A., Siebert, P., Usman, N., Matz, M. & Lukyanov, S. (1997) Biochem Biophys Res Commun 230, 285-8.
83. Matz, M., Usman, N., Shagin, D., Bogdanova, E. & Lukyanov, S. (1997) Nucleic Acids Res 25, 2541-2.
84. Lukyanov, K. A., Matz, M. V., Bogdanova, E. A., Gurskaya, N. G. & Lukyanov, S. A. (1996) Nucleic Acids Res 24, 2194-5.
85. Gurskaya, N. G., Diatchenko, L., Chenchik, A., Siebert, P. D., Khaspekov, G. L., Lukyanov, K. A., Vagner, L. L., Ermolaeva, O. D., Lukyanov, S. A. & Sverdlov, E. D. (1996) Anal Biochem 240, 90-7.
86. Luk'ianov, K. A., Gurskaia, N. G., Bogdanova, E. A. & Luk'ianov, S. A. (1999) Bioorg Khim 25, 163-70.
87. Frohman, M. A., Dush, M. K. & Martin, G. R. (1988) Proc Natl Acad Sci U S A 85, 8998-9002.
88. Edwards, J. B., Delort, J. & Mallet, J. (1991) Nucleic Acids Res 19, 5227-32.
89. Liu, X. & Gorovsky, M. A. (1993) Nucleic Acids Res 21, 4954-60.
90. Akowitz, A. & Manuelidis, L. (1989) Gene 81, 295-306.
91. Bogdanova, E., Matz, M., Tarabykin, V., Usman, N., Shagin, D., Zaraisky, A. & Lukyanov, S. (1998) Dev Biol 194, 172-81.
92. Kazanskaya, O. V., Severtzova, E. A., Barth, K. A., Ermakova, G. V., Lukyanov, S. A., Benyumov, A. O., Pannese, M., Boncinelli, E., Wilson, S. W. & Zaraisky, A. G. (1997) Gene 200, 25-34.
93. Bogdanova, E. A., Matts, M. V., Tarabykin, V. S., Usman, N. & Luk'ianov, S. A. (1997) Ontogenez 28, 132-7.
94. Ivanova, N. B. & Belyavsky, A. V. (1995) Nucleic Acids Res 23, 2954-8.
95. Broude, N. E., Chandra, A. & Smith, C. L. (1997) Proc Natl Acad Sci U S A 94, 4548-53.
96. Broude, N. E., Storm, N., Malpel, S., Graber, J. H., Lukyanov, S., Sverdlov, E. & Smith, C. L. (1999) Genet Anal 15, 51-63.
97. Lavrentieva, I., Broude, N. E., Lebedev, Y., Gottesman, II, Lukyanov, S. A., Smith, C. L. & Sverdlov, E. D. (1999) FEBS Lett 443, 341-7.
98. Vinogradova, T., Leppik, L., Kalinina, E., Zhulidov, P., Grzeschik, K. H. & Sverdlov, E. (2002) Mol Genet Genomics 266, 796-805.
99. Vos, P., Hogers, R., Bleeker, M., Reijans, M., van de Lee, T., Hornes, M., Frijters, A., Pot, J., Peleman, J., Kuiper, M. & et al. (1995) Nucleic Acids Res 23, 4407-14.
100. Donohue, P. J., Hsu, D. K. & Winkles, J. A. (1997) Methods Mol Biol 85, 25-35.
101. Weising, K., Atkinson, R. G. & Gardner, R. C. (1995) PCR Methods Appl 4, 249-55.
102. Badge, R. M., Alisch, R. S. & Moran, J. V. (2003) Am J Hum Genet 72, 823-38.
103. Zhang, Z. & DuBois, R. N. (2001) Oncogene 20, 4450-6.
104. von Stein, O. D., Thies, W. G. & Hofmann, M. (1997) Nucleic Acids Res 25, 2598-602.
105. Chu, Z. L., McKinsey, T. A., Liu, L., Gentry, J. J., Malim, M. H. & Ballard, D. W. (1997) Proc Natl Acad Sci U S A 94, 10057-62.
106. Hudson, C., Clements, D., Friday, R. V., Stott, D. & Woodland, H. R. (1997) Cell 91, 397-405.
107. Mueller, C. G., Rissoan, M. C., Salinas, B., Ait-Yahia, S., Ravel, O., Bridon, J. M., Briere, F., Lebecque, S. & Liu, Y. J. (1997) J Exp Med 186, 655-63.
108. Yokomizo, T., Izumi, T., Chang, K., Takuwa, Y. & Shimizu, T. (1997) Nature 387, 620-4.
109. Schaefer, B. C. (1995) Anal Biochem 227, 255-73.
110. Johansson, M. & Karlsson, A. (1996) Proc Natl Acad Sci U S A 93, 7258-62.
111. Rosenberg, H. F. & Dyer, K. D. (1996) Nucleic Acids Res 24, 3507-13.
112. Takenoshita, S., Hagiwara, K., Nagashima, M., Gemma, A., Bennett, W. P. & Harris, C. C. (1996) Genomics 36, 341-4.
113. Chong, S. S., Pack, S. D., Roschke, A. V., Tanigami, A., Carrozzo, R., Smith, A. C., Dobyns, W. B. & Ledbetter, D. H. (1997) Hum Mol Genet 6, 147-55.
114. Morii, E., Jippo, T., Tsujimura, T., Hashimoto, K., Kim, D. K., Lee, Y. M., Ogihara, H., Tsujino, K., Kim, H. M. & Kitamura, Y. (1997) Blood 90, 3057-66.
115. Wade, D. P., Puckey, L. H., Knight, B. L., Acquati, F., Mihalich, A. & Taramelli, R. (1997) J Biol Chem 272, 30387-99.
116. Luk'ianov, K. A. & Luk'ianov, S. A. (1997) Bioorg Khim 23, 882-7.
117. Fradkov, A. F., Lukyanov, K. A., Matz, M. V., Diatchenko, L. B., Siebert, P. D. & Lukyanov, S. A. (1998) Anal Biochem 258, 138-41.
118. Edwards, M. C. & Gibbs, R. A. (1994) PCR Methods Appl 3, S65-75.
119. Shuber, A. P., Grondin, V. J. & Klinger, K. W. (1995) Genome Res 5, 488-93.
120. Henegariu, O., Heerema, N. A., Dlouhy, S. R., Vance, G. H. & Vogt, P. H. (1997) Biotechniques 23, 504-11.
121. Brownie, J., Shawcross, S., Theaker, J., Whitcombe, D., Ferrie, R., Newton, C. & Little, S. (1997) Nucleic Acids Res 25, 3235-41.
122. Broude, N. E. (2002) Trends Biotechnol 20, 249-56.
123. Fan, J. B., Chen, X., Halushka, M. K., Berno, A., Huang, X., Ryder, T., Lipshutz, R. J., Lockhart, D. J. & Chakravarti, A. (2000) Genome Res 10, 853-60.
124. Broude, N. E., Woodward, K., Cavallo, R., Cantor, C. R. & Englert, D. (2001) Nucleic Acids Res 29, E92.
125. Cech, T. R. (1993) Biochem Soc Trans 21, 229-34.
126. Sinden, R. R., Potaman, V. N., Oussatcheva, E. A., Pearson, C. E., Lyubchenko, Y. L. & Shlyakhtenko, L. S. (2002) J Biosci 27, 53-65.
127. Pearson, C. E. & Sinden, R. R. (1998) Curr Opin Struct Biol 8, 321-30.
128. Varani, G. (1995) Annu Rev Biophys Biomol Struct 24, 379-404.
129. Meins, F., Jr., Si-Ammour, A. & Blevins, T. (2005) Annu Rev Cell Dev Biol 21, 297-318.
130. Santangelo, P., Nitin, N. & Bao, G. (2006) Ann Biomed Eng 34, 39-50.
131. Goel, G., Kumar, A., Puniya, A. K., Chen, W. & Singh, K. (2005) J Appl Microbiol 99, 435-42.
132. Drake, T. J. & Tan, W. (2004) Appl Spectrosc 58, 269A-280A.
133. Tsourkas, A. & Bao, G. (2003) Brief Funct Genomic Proteomic 1, 372-84.
134. Fang, X., Mi, Y., Li, J. J., Beck, T., Schuster, S. & Tan, W. (2002) Cell Biochem Biophys 37, 71-81.
135. Bonnet, G., Tyagi, S., Libchaber, A. & Kramer, F. R. (1999) Proc Natl Acad Sci U S A 96, 6171-6.
136. Bonnet, G., Krichevsky, O. & Libchaber, A. (1998) Proc Natl Acad Sci U S A 95, 8602-6.
137. Roberts, R. W. & Crothers, D. M. (1991) Proc Natl Acad Sci U S A 88, 9397-401.
138. Riccelli, P. V., Merante, F., Leung, K. T., Bortolin, S., Zastawny, R. L., Janeczko, R. & Benight, A. S. (2001) Nucleic Acids Res 29, 996-1004.
139. Yesilkaya, H., Meacci, F., Niemann, S., Hillemann, D., Rusch-Gerdes, S., Barer, M. R., Andrew, P. W. & Oggioni, M. R. (2006) J Clin Microbiol 44, 3826-9.
140. Tyagi, S. & Kramer, F. R. (1996) Nat Biotechnol 14, 303-8.