С приходом к власти в Египте и Сирии Фатимидов ситуация оставалась прежней. Новые правители решили сохранить административный аппарат, доставшийся им от предшествующей (ихшидитской) династии, в котором многие важные посты занимали зиммии. «Фатимидский период… стал для христиан эпохой процветания. Историк Абу аль-Макарим … назвал Фатимидов великими почитателями коптов». «Положение любого из народов Писания, особенно из высшего общества, было тем больше, чем увереннее сами мусульмане ощущали свою культурную и политическую стабильность. Отсюда- относительное возвышение зимми в духовной и государственной сферах IX- XI вв».
Фатимидский халиф Аль-Хаким (996-1021) предписывал христианам носить отличительные знаки в виде крестов, носить черные одежды и опоясываться кушаками. Было запрещено украшать церкви и носить пальмовые листья в вербную неделю, а затем запрещены некоторые христианские праздники, например Крещение. Христианам было запрещено ездить на лошадях и мулах. Аль-Хаким предписал сорвать кресты с церквей и уничтожить их изображения на стенах. Он также запретил звонить в колокол. По приказу Аль-Хакима тысячи церквей были разграблены и уничтожены или переделаны для нужд мусульман. Земли этих церквей были конфискованы и раздавались мусульманам. Многое имущество, как например золотые и серебреные кубки, распродавались на рынках. Церковь аль- Муаллака (церковь Святой Девы Марии или Подвешенная церковь) была превращена в большой магазин, где продавались кованные изделия и дорогие одежды. Многие церкви были переделаны в мечети (например церковь Св. Шенуды). Среди прочего до основания были разрушены Храм Гроба Господня и монастырь аль- Кусайр на горе аль- Мукаттам в Каире, из которого было украдено все дерево, включая деревянные гробы. Многие христиане теряют свои должности, часть из них казнена. В этот период многие христиане, спасаясь от преследований и желая сохранить свои посты, принимают ислам, другие были вынуждены переселиться в Византию. В конце жизни аль- Хаким вновь изменил свое отношение к иноверцам. Он разрешает восстанавливать церкви, приказывает вернуть христианам отнятые земли и имущество. Мусульманам- неофитам было разрешено вернуться в их прежнюю веру.
В период фатимидского правления резиденция коптского патриарха переезжает в Каир, т.е. находится в непосредственной близости от халифа и правящей элиты. «Этот переезд символизирует, с одной стороны, объединение с правящей династией Фатимидов, с другой- все большее отдаление коптов от других восточных Церквей. Фатимиды…симпатизировали коптам, потому что самипринадлежали к исламскому меньшинству- исмаилитов, как ветви шиитов, которых египетские сунниты не считали истинными мусульманами ».
В период крестовых походов (1095-1291) усиливается общая ксенофобия мусульманских правителей, в особенности мамлюков, считавших себя наследниками аюбидской династии, в первую очередь Салах ад-Дина (1174-1193), и возглавивших мир суннитского ислама. Причиной этому были постоянные войны как с внешним врагом (крестоносцы и монголы), так и с врагами- еретиками, внутри самой мусульманской общины (исмаилиты ). И если представители династии аюбидов были терпимы к местным христианским общинам, то подход мамлюков к этому вопросу имел значительные отличия. «Недавнее обращение мамлюков в ислам, их отчужденность от местного населения и узко военное образование предрасполагали к куда более суровому отношению к немусульманам». Кроме того, в качестве ответа на агрессию и фанатичность представителей западного христианского мира возникло явление так называемых «антикрестовых походов», начавшихся еще при сельджукском атабеке Имад ад-Дине Зенги (1087-1146) и продолжавшихся до завоеваний турок-османов, захвативших в 1522 г. остров Родос.
Несмотря на постоянные боевые действия, как и в предшествующие века, торговые и культурные отношения двух цивилизаций не прекращались. К примеру, крестоносцы привезли на Восток технологию каменной кладки, а строительство многочисленных крепостей и церквей не могло не повлиять на развитие мусульманской архитектуры. При строительстве арок фасада мечети аль-Акса использовался лепной орнамент одной из построек, возведенных крестоносцами. В 1291 г.портал церкви в Сен-Жан д'Акр был включен в архитектурную композицию мечети ан-Насира, расположенную в Каире: «прекрасный и транспортабельный артефакт был вывезен, дабы быть выставленным в центре Мамалюкской империи в качестве постоянного напоминания о славной победе, окончательном поражении крестоносцев в Леванте и неизбежной победе ислама над христианством». Крестоносцы проявляют все больший интерес к восточным предметам роскоши. В первую очередь, это относится к домашней утвари искусной работы (посуда, подсвечники, шкатулки, подносы и др.), в украшении которой мусульманские мастера использовали христианские сюжеты наравне с традиционными мусульманскими мотивами для того, чтобы угодить своим «новым клиентам». Христианские и мусульманские правители обменивались подарками, заключали военные и торговые договоры, преследуя собственные политические и экономические цели. Мамлюкские султаны обменивались делегациями с европейскими государствами такими, как Арагон, Генуя, Амальфи, Пиза, переживающими экономический подъем. С ними правители Востока заключали соглашения. Примером одного из таких договоров может служить соглашение султана Сайаддина Калауна (1279-1290) с Генуэзской республикой, устанавливающее права, правила и привилегии для генуэзских торговцев и обеспечивающее их безопасность на территории мамлюского султаната. Подобные договоры носили двусторонний и взаимный характер. «В Александрии и Каире возникают европейские торговые кварталы, фактически обладающие правами экстерриториальности…». В Европу с Востока шли пряности, ткани, духи, золото и др. Арабский мир, в свою очередь, импортирвоал «…строительный лес, металлы…», необходимые для изготовления кораблей и военного снаряжения, «…кожи и сукна, коней, наконец живой товар- рабов…». Таким образом, военные действия существовали параллельно с богатыми торгово-экономическими связями между сторонами. Завоевав в 1291 г. Акру, мамлюки продолжали сохранять европейские торговые территории в Леванте. Периоду правления мамлюкской бахристкой династии (1280-1382) соответствовал экономический подъему султаната, что было бы невозможно без постоянной взаимовыгодной торговли. Отличительной чертой периода является то, что теперь, в основном, западная цивилизация учится у мусульман и перенимает различные элементы культуры, быта, гигиены и медицины и т.д.
Мусульманам потребовалось некоторое время, чтобы провести границу между более фанатичными и враждебно настроенными франками-христианами и восточными христианами, с которыми они проживали бок о бок на протяжении всей истории ислама. Походы крестоносцев обострили отношения между мусульманами и местными христианами, и мусульманские хронисты зачастую обвиняли их в военных неудачах мусульман. Известная легенда гласит, что Антиохия была взята крестоносцами (1098 г.) по причине предательства армянина-христианина Фируза. Во время осады Алеппо 1124 г. крестоносцами было осквернено мусульманское кладбище, находящееся за чертой города. В ответ на это в городе, по решению кади (судьи), были разрушены алтари церквей, а на их месте сделаны михрабы, т.е. церкви были превращены в мечети. Таким образом, прослеживается прямая связь между агрессией крестоносцев (носящей символический религиозный оттенок) и антихристианскими действиями со стороны мусульман. Подобные случаи были известны и до начала крестовых походов. Так же как и в предшествующие периоды, в зависимости от текущей политической обстановки христиане то теряли свои посты, то вновь назначались на высокие ответственные должности:«…личный секретарь Саладина, Ибн Шарафи, был коптом, а брат Саладина, ал-'Адил, назначил копта по имени Ибн ал-Микат на должность руководителя военного министерства…». Известны случаи, когда восточные христиане сражались на стороне франков или же наоборот предпочитали оставаться под властью мусульманских правителей и поддерживали их. Во время осады Дамиетты (1218-1219) местные копты помогали мусульманам защитить город. С приходом крестоносцев возрождали старые храмы и строили новые не только латиняне, но и местные христиане. Так в 60-х годах XII в. был перестроен армянский кафедральный собор св. Якова. Строились, восстанавливались и расширялись церкви в Иерусалиме (храм Гроба Господня, св. Архангела Михаила, св. Феклы и др.), Тире, Назарете, Бейруте, Хевроне и т.д.
При мамлюках, несмотря на то, что они не придерживались единой и постоянной линии в своем отношении к немусульманам, ситуация для восточных христиан незначительно усугубилась. Как было отмечено выше, по ряду причин мамлюкам была свойственна большая отдаленность и суровость по отношению к иноверцам, нежели их предшественникам. Кроме того, нашествие крестоносцев дает мусульманам новый весомый повод для критики единоверцев франков, проживающих на мусульманских землях. Приближенный султана Бейбарса (1260- 1277), шейх Хадир был известен свой позицией в отношении немусульман. По его приказу церковь в Александрии, в которой по преданию хранилась голова Иоанна Крестителя, была превращена в школу изучения Корана. Он же нанес повреждения храму Гроба Господня в Иерусалиме. В течение XIV в. мамлюкскими правителями было издано ряд указов, налагающих на христиан ограничительные меры в вопросах одежды и отличительных знаков. Мусульманам запрещалось лечиться у врачей, исповедующих христианство и иудаизм, а в период с 1279 г. по 1447 было разрушено 44 коптские церкви в Египте. Равно как и в предшествующие периоды, мусульмане выказывали недовольство и устраивали погромы в тех случаях, когда христиане вели себя чересчур вызывающе или пользовались исключительным привилегированным положением. В 1260 г. христианская процессия с крестами прошла по Дамаску, восхваляя свою религию. В ответ на это мусульмане разграбили дома христиан и разрушили несколько церквей. В этот же период мы находим традиционную критику христиан, занимающих государственные посты. К традиционным упрекам мусульмане теперь добавляют обвинения в сотрудничестве христиан с крестоносцами, считая, что их «недобросовестная» служба ослабляет экономическую и военную мощь султаната. Арбаский географ и ученый «Ал-'Умари, описывая коптских чиновников из высших эшелонов мамлюкского государства, говорит, что они обладают «белыми тюрбанами и черными тайнами».
С момента основания Османской империи и началом ее расширения численность немусульман в нем постоянно росла. После захвата Константинополя в 1453 г. Мехмед II (1451-1481) назначил Геннадия Схолария (ум. 1472/1473) Константинопольским патриархом греко-православной церкви и заключил с ним договор о зимме. Текст этого договора не сохранился, но, вероятно, он был схож с договором, заключенным с христианами, проживающими в Галате (район Константинополя). По примеру прежних договоров христианам гарантировалась свобода вероисповеданий, убеждений и проведений христианских обрядов, а также неприкосновенность церквей. Согласно митрополичьим грамотам того же периода, митрополиты в полной мере сохраняли свои должности и полномочия. Правовые вопросы, относящиеся к христианам, также оставались в поле ответственности христианской общины. Христиане, владеющие иностранными языками, продолжали занимать многочисленные посты в бюрократическом аппарате Османов. «Современник Мехмеда Фатиха историк Критовул подтверждает, что предоставленные греческой патриархии полномочия были не меньше, чем в византийские времена». Подобные «религиозные общины (греко-православная, армяно-григорианская и иудейская), официально признававшиеся государством и пользовавшиеся ограниченной автономией (обеспечение религиозно-политических запросов своих членов, сбор налогов и оказание взаимопомощи, поддержание порядка внутри общины)» получили в Османской империи обозначение «миллет», а их ведущие религиозные деятели «миллетбаши». Остальные религиозные общины турецкого государства (за исключением означенных греческого, армянского и еврейского миллетов) были официально признаны Османами намного позже. Например, община армян-католиков, на которых до этого распространялась юрисдикция армяно-григорианского миллета, обрела официальный статус лишь в 1830 г. Таким образом, правители Османской империи продолжали политику своих предшественников в отношении зиммиев, в частности христиан, в рамках мусульманского закона, уходящего корнями к Корану, предписаниям пророка Мухаммеда и первых праведных халифов. В 1774 г. христиано-мусульманские отношения, до этого всегда являвшиеся внутренним делом территории ислама, выходят за рамки мусульманского государства: согласно подписанному Кючук-Кайнарджийскому договору между Россией и Османской империей, турецкое государство обязывалось охранять жизнь, имущество, свободу вероисповедания и церкви православных, проживающих на его территории. Таким образом, права христиан-зиммиев закрепляются межгосударственным соглашением и становятся объектом не только мусульманского, но и международного права. Со временем отношения мусульманского государства с зиммиями все больше становятся объектом интересов других государств и международных законов. В результате этого расширение прав и льгот христиан, прописанные в декрете о реформах 1856 г. (ислахат ферманы), носят характер обязательства перед международным сообществом. Согласно этому закону христиане и мусульмане стали равны перед законом. Парижский договор, подписанный в том же году, и Берлинский договор 1878 г. закрепляют и расширяют права христиан, проживающих в Османской империи. «Эта ситуация породила постоянную проблему для Османского государства, и западные державы при каждом удобном случае требовали все больших прав и гарантий для немусульман…». Провозглашение равных прав для мусульман и иноверцев в стремлении найти одобрение со стороны европейских держав, в первую очередь Англии и Франции, пошатнуло многовековые устои мусульманского мира. Одни из результатов этого процесса можно обозначить появление христианской автономии Горный Ливан в 1861 г., которая находилось под управлением губернатора. Это привело к кровавым межконфессиональным конфликтам. В 1920 г. французские власти создали «Государство Великий Ливан», где маронитская община получила власть.
На протяжении существования государства Османов доля христианского населения в нем составляла чуть больше 40% , что в период правления Сулеймана Великолепного (1520-1566) составляло ок. 4,8 млн. человек, а к 1844 г. эта цифра достигла показателя ок. 14,5 млн. Условия выплаты джизьи оставались прежними- их выплачивали трудоспособные мужчины с достижением совершеннолетнего возраста, т.е. от 14 до 75 лет. Как и прежде размер налога зависел от финансового благополучия зиммия. С состоятельных немусульман взималось 48 серебряных дирхемов, что составляло необходимую сумму для участия в военном походе в составе конной части и в сопровождении еще одного всадника, людям среднего достатка (60-80%) полагалось уплачивать 24 дирхема, позволяющие лично принять участие в кавалеристском походе, а бедняки платили 12 дирхамов, суммы достаточной для участия в пешей кампании. Сбором этой подати занималась специальная канцелярия, называвшаяся Джизье мухасебеси, которая в начале каждого мусульманского года (месяц мухаррам) направляла государственных сборщиков налогов в христианские районы. Эта система несколько раз менялась, вводилась система краткосрочных (ильтизам) и долгосрочных (маликяне) откупов, однако, при Ахмеде III (1703-1730) была восстановлена прежняя система. После реформ танзмата, уровнявших в правах мусульман и христиан, последние должны были нести военную повинность, которая вскоре была заменена выплатой денежного взноса (бедель).
В османский период торгово-экономическое и культурное взаимодействие Востока и Запада продолжает расти. В XVII-XVIII вв. интенсифицируются связи христиан Сирии и Ливана с европейскими купцами, которые основали свои общины во многих городах (Алеппо, Бейрут и др.), а также с миссионерами, представляющими различные христианские направления (иезуиты, францисканцы, кармелиты и др.), которые открывают здесь свои школы и оказывают значительное интеллектуальное влияние на местных жителей. Многочисленные католические миссии открывали свои образовательные учреждения в Египте, Тунисе, Ираке, Ливане и других арабских странах. Американские протестанты в 1886 г. открыли в Бейруте Сирийский Евангелический колледж, в рамках которого были созданы колледжи, в которых изучались медицина, сельское хозяйство, торговля и др. В XVIII в. в Аш-Шаме и Египте закладывается фундамент, на котором в XVIII в. возникнет движение арабского возрождения «нахда», ратующего за развитие прогресса и образования, в становлении и развитии которого арабы-христиане сыграют важную роль. Первая типография с арабской графикой была открыта в Ливане христианином- маронитом, и с начала XVIII в. на территории этой страны регулярно начинают действовать арабские типографии. Процесс взаимодействия Порты и подконтрольных ей территорий с Европой достигает своего пика к середине XIX в., в период реформации и вестернизации турецкого государства. В это время на турецкий, а затем и арабский языки переводятся многочисленные европейские труды от работ по юриспруденции и философии до художественной литературы, что служит толчком для развития в Османской империи новых жанров, таких как драма и новелла и литературная критика. Важнейшим направлением в арабской нахде было светское движение на основе арабского самосознания. Это движение со временем было оформлено в политическую мысль, воплотившуюся в идее арабского национализма. Многими идеологами этого движение были арабы, исповедовавшие христианство. В качестве примера можно привести Насифа аль-Йазиджи (1800-1871), его сына Ибрагима аль-Йазиджи (1847-1906), Джурджи Зейдана (1861-194), Бутроса аль-Бустани (1819- 1883) Джебран Халил Джебран (1883-1931) и др., которые являлись центральными фигурами в рождении и развитии нахды. Основной целю представители нахды называли «движение за устранение институтов и традиций, мешавших прогрессу, движение за распространение научных знаний, за реформу образования». Бутрос аль-Бустани был выдающимся ученым и интеллектуалом своего времени, владел несколькими языками, основал несколько газет и журналов и оставил после себя несколько фундаментальных трудов, включая словарь и арабскую энциклопедию. Он поддерживал тесные связи с американскими и европейскими миссионерами. Представителями этого движение не только создаются произведения в новых для арабского языка жанрах таких как, пьесы и короткие рассказы, но переводится большое количество европейской литературы. В этот период происходит бум в написании работ во всех научных отраслях (химия, физика, медицина, география, истории и др.), зарождается арабский театр и арабская журналистика. Христианские общины выпускали свои газеты: иезуитская «Аль-Бас», «Аль-Джанна» и «Аль-Джунейна», которые публиковал Аль-Бустани и др.